2016年6月12日，环保部官网公布《水污染防治法（修订草案）》（征求意见稿），并公开征集意见。
对比现行的《水污染防治法》，修订后的草案新增多项水环境风险监控内容，并为落实《环境保护法》中公众参与的权利，新增一章节专门介绍信息公开与公众参与。
草案称，重点排污单位应当如实向社会公开污染物排放数据，不得以保守商业秘密为借口拒绝公开。企业的建设项目环境影响报告书和申请排污许可证内容也需要公开征求公众意见。对污染水环境、破坏水生态，损害社会公共利益的行为，人民检察院和依法符合条件的社会组织，可以向人民法院提起诉讼。
草案强调“防在前，治在后”，新增了多项预防性规定，包括建立健全水环境承载能力监测评价预警体系和机制，增加规划环评规定，建立重污染企业退出机制，制定有毒有害水污染物名录等。
草案推行排污许可制，并确立其核心地位，明确了排污单位主体责任。为落实政府及有关部门责任，草案借鉴《环境保护法》《大气污染防治法》和地方立法经验，将对水环境质量负责的政府层级拓展至地方各级人民政府。加大水环境质量目标考核评估和追责力度，实施党政同责、一岗双责。
环保部称，现行的《水污染防治法》于 2008 年 6 月 1 日起施行至今，一些地区水环境质量差、水生态受损重、环境隐患多等问题仍然突出，与人民群众的期盼还有较大差距。
2015 年，全国人大将《水污染防治法》修订列入立法计划。2016 年 3 月，环保部通过了《水污染防治法》修订草案初稿，并于4 月征求了发展改革委、工业和信息化部、财政部等31 个国务院相关部门，各省（区、市）环保厅（局）及环保部各环保督查中心的意见，在此基础上，修改形成《水污染防治法（修订草案）》（征求意见稿）。

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